商品券は日用品や子ども用品が買えたり、あれば何かと役に立つので良いと思います。
デメリットがあるとすれば、使えるお店がご友人様の近くにない、あるいは商品券の使い方をご友人様が知らない場合ぐらいでしょうか。

一般的には出産祝いは、祝う側の気持ちをご祝儀袋に入れてお渡しすれば良いので、この場合質問者様には全く落ち度はないと思います。
この場合失礼なのはご友人様の方ですね。
祝ってもらっておいて「現金も用意出来ないのか？」という旨を伝えられてしまうというのは、人としてどうかしてるのではないかと思ってしまいます。

「お金がないのかと思った」は、そっくりそのままご友人様へお返しになられてはいかがでしょうか？
生活費の工面にお困りの方はご祝儀袋に現金が入っていた方が有難いですからね。冗談です。

今後、質問者様の方でご縁を切られてもご友人様は文句を言える立場でないことは確かだと思います。