ファンデーションはパウダーですか？
私もファンデーションの毛穴落ちに悩んでいましたが、なかなか下地を使っても解決しませんでした。
また根本的に毛穴を収縮させるのもなかなか時間と根気が必要だと思います。
毛穴落ちしたファンデーションの上にファンデーション（特にパウダー）を塗ってもムラが酷くなるだけなので一度乳液などをコットンにつけて拭き取り、落としてからまたファンデーションを重ねた方がいいです。

ただ私の場合、赤ら顔なのでファンデ落とした後パウダーファンデを重ねても赤みが隠しきれず部分的にメイクを落とした所とそうでない所が分かってしまうのです。

その為オススメはクッションファンデーションです。多くのアイテムが下地や紫外線遮断機能も兼ね備え、カバー力に優れたアイテムが多いので一度ファンデを落としてからまたファンデをのせても（パフで叩くようにつけます）綺麗に色ムラなくつきます。

ただ朝パウダーファンデをつけてお直しだけクッション、という使い方はしたことがないので（私は朝はリキッドかクッション）その場合はまた違ってくるかもしれませんがよかったら試してみてください。