いきなりフルメイクをするのではなく、まずアイラインだけ、マスカラだけ、リップだけといったように1ヵ所やって顔全体のバランスを見て1点だけ足りないものを足していくといった方法でメイクをしていくと派手にはならないと思います。
1ヵ所やったら顔全体を見るのがポイントです。

私はこの方法でナチュラルメイクを見つけていったのですが、私の場合チーク・アイシャドウ・アイラインがなくてもメイクバランスが他で取れることが分かったので、ナチュラルメイクの時はこの3ヵ所にはあまり手をつけなくなりました。
いつものメイクよりちょっと物足りないぐらいの仕上がりでちょうど良くなると思います。

ポイントメイクを想定して回答しましたが、これはベースメイクでも同じです。
全部を同じようにカバーする必要はないので、比較的キレイなパーツには色をのせないなど、塗り方を工夫することでベースにもナチュラルさが出てくると思います。
私の場合はTゾーンの毛穴と肌色の色ムラさえカバーできればナチュラルな化粧感が出てくるので、他のフェイスラインなどは透明の日焼け止め以外なにも塗らないようにしています。
なにかしら参考になりましたら幸いです。