薄く塗ることがナチュラルメイクではないです、ナチュラルメイクはナチュラルに見えるメイクと言うだけです。ファンデもアイメイクも目立たせないだけでしっかりがっつり塗っています。入れるならノーズシャドウもハイライトも入れます。
塗られている感じが嫌なのでなければちゃんとマシュマロフィニッシュパウダーなどファンデーションを使った方がいいですね。
肌と色さえあってれば粉だろうがリキッドだろうが塗ってる感じがそもそも出ません。
アイライナーもまつ毛の中を埋めるのと、隠しで内側に塗ればそう目立ちません。黒が嫌ならブラウン系なら目立ちませんよ！
目頭や目尻は伸ばさずあくまで自分の目の長さで留めます。
マスカラはご自身のまつ毛が元々長く本数もあるのであれば茶色でもいいと思いますが、そうでも無いのであれば黒でも問題ないかと思います。見慣れないので初めは濃く感じるかもしれませんが化粧してる人達からするとそれでも相当薄く感じるようです。
アイメイクはブラウン系を薄く塗ったらなんとなくナチュラル系メイクになります……（笑）
キャンメイクのスタイリストアイズの色が可愛いかなと思います！

あと学生さんで既に黒ずみ気になるならお化粧よりスキンケア(洗顔やクレンジング)の見直しするといいかもしれませんね。