アイライナーは、リキッドタイプのものを使用されていますか？
もし、そうであればペンシルタイプをオススメします。

私も黒のリキッドでまつ毛の間を埋めるようにラインを引いていましたが
質問者さまと同じく強調しているようで違和感があり…黒なので尚更…

今では、ブラウンのペンシルで粘膜にアイライン。
目尻のみ黒のリキッドで跳ね上げています。

マスカラの塗り方に関しては、自分に合う塗り方を見つけるのが一番かと思います。
しかし、メイクをする際にまつ毛に
下地やファンデなどをつけないようにするのもマスカラを綺麗につける方法の１つかと最近、実感しています。

私は、ビューラーで一度、まつ毛を上げて
軽くマスカラ液をしごいたブラシで根元から一度ギザギザを意識してマスカラをつけてあげます。
両目を一度ずつしたら、先につけた方から髪をとかすようにマスカラを重ねづけしていけば綺麗につくかなと思います。
私は下まつ毛は、大体つけていません。
目の形状上、どうしても下まつ毛を塗ると落ちやすいようなので…
全然、つけなくても良いと思います。
ぱっちりと目の印象を主張したい時は、つけてみるのも良いかと思います。

上手く説明出来なくて、すみません。