趣味が魚釣りで全て自分でお魚を捌きますので、推測ですがコメントさせて下さい。

いくつか理由が推測できますね。
列記してみます。

１）捌き方が三枚おろしと異なる
これは職人さんではない若い店員さんの例がコレだと思います。
常にお刺身用を作業として捌くことを教わっているスーパの店員さんなら、例えば関東方面の背開きはできません。（お刺身は腹側から包丁を入れていきます）
また、関西方面の腹開きでも、開き方が異なるのでついうっかり最初にエラの後ろに包丁を入れてしまうでしょうね。
この時点で、頭を残せなくなりますので。

２）大きい魚は頭が割れない
「大きい」と言っても基準が曖昧ですが、だいたい長モノ以外のお魚は４０ｃｍを超えると大き過ぎて開きにできないでしょうね。
できない･･･は極論ですが、中骨の頭部分が異常に硬くなりますので、普通に出刃包丁で割ると刃が一撃でやられてしまい、包丁を研ぎ直さないと次のお刺身が捌けなくなります。（私は、中骨経ちには安物の出刃を用意しています）
ましてや最近は職人さんでない限り両刃の洋包丁を使うことが多いですので、これだと中骨を割ることはできません。
そのため頭を残されてしまう可能性があります。

ちなみにスーパーなんかだと、アラ用のバラしは包丁が傷まないようにナタのような道具で、別の店員さんがバンバン割っています。
大きなお魚の場合、お刺身を捌く作業と開きとを同じ道具ではムリがありますね。

３）できるけれど、うっかり･･･
鮮魚がしっかりしたお店でしたら、慣れた職人さんがおられてきちんとやってくれると思います。
ただ、職人さんも基本として作業的にどんどん魚を三枚に下ろしていくのが日々のメイン仕事ですので、ついうっかり最初にエラの後ろに包丁を入れてしまうでしょうね。
これは、開きとは作業手順が異なることと繋がっています。

これ、実は私もうっかりよくヤってしまうんです＾＾；
当たり前のように数をどんどん捌いていると、魚をまな板に置いた時点でサクっとエラの後ろに包丁を入れるクセがついてしまっていますので（苦笑）

以上、いずれかの理由だと思われますね。
ご参考まで。