お店で買い物して登録した際のIDがすでにあり、オンラインブティック登録時にお店でのIDを入力していれば、どちらも同じIDで買い物ができているのですが、オンラインではオンラインの買い物履歴しか見れません。

また、最初の買い物がオンラインブティック だとオンラインのIDが。その後お店で買い物すれば、そこでもIDが新たに作られるので、この場合は、お店の人に言うかカスタマーリレーションに電話して、iDの統合をしてもらう必要があります。
統合されても、やはりオンラインではオンラインでの買い物履歴しか見れません。

ただ、今まさに新システムに移行途中で、お店での買い物が主でオンラインでの買い物履歴がなくても、MY DIOR BEAUTY 上でのマイ ステイタスはクリスタルと表示されているはずなので、履歴と計算は正しくされています。
いずれは店とネットの両方の購入履歴が見れるようになるかもです。