私も、気に入ったサンプルの容器は、詰め替え用に使っています。
便利ですよね。

私が使う時は、以下の手順で使っています。

１．水でよく洗う。
２．熱湯消毒ができる形態の容器であれば、熱湯消毒を。熱湯消毒ができない形態の容器であれば、消毒用エタノールに全体を浸す。（長い時間は必要ありません。数十秒で十分です。ただ、消毒用エタノールは濃度が70％以上でないと消毒としての威力を発揮しませんので、水で薄めたりせず、そのままの原液を使用して下さい。また、水洗した容器をよく乾かしてからにして下さいね）
３．その後自然乾燥。（消毒用エタノールは、気化が早いですから、すぐに乾くと思います）
４．よく乾燥した容器に化粧品を詰め替えて、なるべく早く使い切る。

消毒用エタノールは、薬局やドラッグストアで簡単に手に入ります。
ただ、500ml入りからしか扱っていないと思うので、このためだけにそれを買うのをためらうようでしたら、焼酎で代用しても大丈夫だと思います。（手作りのジャムや梅酒を作る時なんかに容器を消毒する要領ですね）

また、化粧品の保存がきく年数ですが、無添加のものでばければ、一般的には2～3年と言われています。
無添加の物は、数ヶ月が限度ではないでしょうか。
ただ、これは、あくまで目安であって、保存方法や状態等で、短くなってしまったりすると思います。
1～2年くらいで使い切ってしまうのが、無難ではないでしょうか。