良かれと思って忠告したり、かばってあげたことが裏目に出ることが多い気がするんです。

先日は最近転勤してきた上司と、元々いた人間たちの反りが合わないようで（わたしの仕事はわりと個人で完結できるので、私は困らない）、これ以上溝を広げないためにも、上司にやんわり苦言を呈したのですがあまり伝わっていなかったようで、ただわたしが文句を言っただけととらえられたような気がしています。
嫌いじゃないけど相性が悪いようで、わたしと上司の回線は上手く繋がっていないのです。
お互いに何を言ってるのか伝わらないことが多くて…(笑)

余計なことは言うもんじゃないなーと思いながらも、自分が困らないからって見て見ぬふりもモヤモヤ。
上司についても他の同僚たちについても嫌いじゃないし揉めてほしくもない。
どうしたら良かったのかアドバイス頂けませんか？