一般的にみて、普通であれば良いと思います…って、それがどこまでかという話ですね。

相手側の立場になってみると考えやすいかと思います。
まず、たくさんの書類を管理するわけですから、
・丁寧な時で書く
→下手でも、丁寧に書こうとしていると分かる。
・送付状をつける
→パッと見て中身が分かる。
・記名をしっかりする
→紛失防止。
・クリアファイルにいれる
→郵送時に折れ曲がりにくい。
・宛名は油性ペンで書く
→郵送時雨で滲まないように。
・履歴書在中や応募書類在中と朱書き
→なんの書類が届いたか分かりやすい。表記は指定なければどっちでも良いかと。

最近だと、消えるポールペンや鉛筆で書く人いるのですが、きちんとした書類は消えるもので書いたり、両面印刷したりしないもの…と思います。

履歴書手書きするか、パソコンで打っちゃうか問題は、本命なら手書きが無難です。選考メンバーに手書き派がいるかもしれないので…。

その他、封筒の色や電話、メールは応募先によりますね。
お堅いところなら白い封筒の特定記録で出す、とか、本命じゃない会社だと安い茶封筒で普通郵便で出したり…。
メールでやり取りしていれば、流れでそう返信するかもしれない。
こういうのは、他の応募者と比べた時に悪目立ちしなければそれで良いと思います。

以上、マナーというより、相手が困らないような配慮をすることが出来れば良いと思います。
書類だけで落とすのは、よほど応募が殺到しているか、ヤバそうなやつだけです。
たいていは、面接まで行うと思うので、そこが勝負ではないでしょうか。

今回の送付状の件に関しては、気にしても仕方がないので、運が悪ければ落ちるけど良ければ大丈夫だと思うので、ガンガン応募しましょう…！と私は思いました。
素敵な会社に就職が決まると良いですね。