メイクの有無は、どちらでも構わないと思います。
他の方も仰っているように、カウンターではメイク落としから始まり、スキンケア～ベースメイクをやってくださるので心配御無用です。

個人的にはメイクして行くことをお勧めします。
なぜなら、好みとテクがわかるからです。
具体的に・・・
・普段使っているファンデの形状(パウダー、リキッド、クリーム)
・仕上がりの質感(マット・ツヤ)
・カバー力
・色(自然な色か明るめか)
などの好みは、口で伝えるよりも普段のメイクを見てもらったほうが通じやすいからです。
また、普段のお化粧を見てもらうことでスキンケアからメイクまで、建設的なアドバイスをいただけることもあります。
ただし、カバーマークなど特殊な理論でファンデを提案するカウンターでは、色の好みはあまり言えないです(笑)

あと気をつけるのは服装。
お化粧は肌質や顔だけを考慮せずに、全体のバランスを捉えましょう。
完成した顔だけがフォーマルだとすごく変なんですよ。。
BAさんに自分のありのままの姿を見てもらって、その雰囲気(カジュアル・フェミニン・コンサバ)に合うメイクをしてもらいましょう。

そして生理周期に気をつけましょう。
生理中に行くと、色トーンが乱れますし、肌状態も安定していないのでカウンターでのお化粧だけで荒れるかもしれません。
強い肌で顔色も変化が少なければ大丈夫でしょうが、一応気にしてみてくださいね。

どのメーカーに行かれるのかわかりませんが、ドキドキですよね。
緊張してしまうと思いますが、リラ～ックスして、楽しんできてくださいね。