こんばんは！
私はアットコスメショッピングのみ利用でクレドポーも数点購入済みですが、資生堂系のクレドポーやエリクシールなどのワタシプラス（現ビューティーキーポイント）は付与されないようです。

アットコスメはポイント還元率が高い時に購入し購入品のポイントや日々のコイン集めで得たポイントを利用し次回のお買い物が安く買える（手出しが少なくて済む）ところが私は魅力だと思います。

ご承知かもしれませんが、資生堂商品をワタシプラスでの購入はおそらく定価ですので割引などは無かったと思います。
ビューティーキーポイント10倍の期間にビューティーキーのID連携が可能なところで(ワタシプラス又はデパートや化粧品専門店など)ご購入されると後々ビューティーキーポイントと資生堂系の商品を交換可能なようですので、私の場合はアットコスメでは資生堂以外のブランドで欲しい物がある時に利用させていただく予定です。

私も以前ご質問者様と同じくワタシプラスポイントの事が気になりここで質問させていただいた際に、アットコスメでゴールドかプラチナ会員様だったかな？うろ覚えですみません。
コスメをご購入されるのはほぼアットコスメをご利用されているためクレドポーもアットコスメで購入されているという方がいらっしゃいました。
コスメの年間購入額や頻度が高い方はポイントを貯めてどこか1箇所でまとめてご購入されたり、送料無料やプレゼント当選など色々特典などもあると存じますので、各々に合ったご利用方法でよろしいのではないでしょうか？
大変長くなりましたが、少しでもご参考になりましたら幸いです(^^)