質問者さんと話したこともないですし、人となりから外見まで全く知らない状態で回答しますから、文章を読んで感じたまま、そのままを回答します。

まず、1番考えられるのは、仕事ができないことだと思います。同僚は「業務に支障があるとは思えない」と言っいたとのことですが、もし「仕事ができないからかな？？」と言われても相当な親友でもない限り「そうそう！アンタ仕事もっと頑張った方がいいよ！覚えんのもやるのも遅いから目ぇつけられてんだよ！」とかしっかりしたご意見言ってくれる人なんてそうそういないと思います。仕事の場です。嫌われてしまうのはやっぱり仕事ができない人や空気を読んで対応できない人やいちいち仕事の邪魔になる人は嫌われてしまいます。質問者さんに思い当たる節があれば直したほうがいいです。

また、身なりや挨拶など基本的な部分もちゃんとしてるし、仕事もちゃんとできる、のにそうなってしまうなら、もしかしたら知的障害などがあるかもしれません。そんな珍しいことではなくてグレーゾーンという明らかな知的障害がない人も7人に1人くらいいます。そういう方は、多分普段は問題なく仕事して問題なく友達や恋人と過ごしていますが、学生時代に勉強が苦手だったりコミュニケーションが「なんか」うまくいかないことがあったりすると聞きます。相談して、IQテスト（WAISなどですね）受けてみてもいいかもしれません。スッキリするかもしれませんよ。もし問題なくてもIQテストで自分の特性を知れるので自分がどんなことが向いているか、どうやって仕事や人間関係をやっていけばいいか分かりやすくなると思います。

でも何もなくて嫌われてしまうことって実はあんまりなくて、なんとなく言ったようなことが気に入らなくて省かれたり、すごく真面目でもすっぴんで髪の毛ボサボサだと汚い人扱いされたり、逆に申し分ない身なりで全身コテコテのブランド物だとしても「何あの人？」ってなったりしちゃうと思うんです。だから、「何もない」はないと思います。何かあります。すっごく辛いし誰に相談していいかもわからない状況で難しいかもしれませんが、何に腹立たれてるのかよく聞き分析して、もし問題が分かったら（分からなくても）病院の先生やカウンセラーに相談して、冷静に周りの状況と自分の個性を整理していくのがいいですね。