お答えします
まず俗にエストロゲンと言われるプレマリンから。
女性ホルモンとして働く「卵胞ホルモン薬」です。卵胞ホルモンといえばコレといえる代表薬です。
吐き気、むかつき、頭痛、下痢、むくみなどが代表的な症状です（副作用）
あと胸の張りもあるのでブラが大きくなる方もいます。
重篤なのは血栓症（血液が固まり通らなくなります。脳梗塞が同じ例）。まれですけどね。

デュファストンは俗にいうプロゲステロンです。
子宮内膜を充実させ、受精卵が着床しやすい状態にします。なので通常、不妊治療に用いられます。正常な生理の方はこの黄体ホルモンがでることで排卵します。ですので生理不順には効くお薬なんですね。
そして副作用ですがエストロゲンと同じです。
血栓症はこちらは聞かないですね・・・
個人差がありますが頭痛は比較的多いです。でも市販の鎮痛剤より医師に相談なさってください。胃が荒れてしまうかも（抗ヒスタミンは胃を荒れやすくします。副作用で嘔吐があるのでこれ以上負担をかけたくないです）。

デュファストンとの違いですがデュファストンは作用が弱いのでプロベラよりは基礎体温の高温期が作られにくい点が挙げられます。おそらく以前より改善されてこの薬に変更されたのではと思います。作用はいずれも同じですので。
またプロベラの方が作用が強いので副作用がありましたか？もしあったのならそれを軽減させるために変更したことも考えられますね。

生理の仕組みご存知ではないのですか？
生理はエストロゲンとプロゲステロンの２つのホルモンがなければ起こりません。排卵しませんので無排卵月経です。
１生理のリズムは卵胞ホルモンと黄体ホルモンという二つの
ホルモンの分泌によって作られます。
２ホルモンの働きによって卵巣の中の卵胞（卵）が育つ。 　
３育った卵胞から出た卵胞ホルモンが子宮内膜に働きかけて
受精卵がうまく着床して（くっついて）、 育つことができるように
布団を作る
４布団ができると、再びホルモンの指令で成熟した卵胞の中から
卵子が飛び出る(これが「排卵」)。
卵子が卵管に入って、精子が来るのを待つ
５卵子が飛び出したら卵胞が黄体というものに変わり、
黄体ホルモンを出して、受精卵が着床しや すいように
子宮内膜の布団をふかふかにして待つ
６精子との受精が行われないと、いらなくなった子宮内膜の
布団が剥がれ落ちて、血液と共に排出される

エストロゲンは排卵の準備と、排卵に向けて女性らしさを引き出すホルモン。つまり、オス（男性）を誘うために 働くホルモンで、この卵胞ホルモンの働く排卵の起こる時期には肌もきれいに、心も体もいきいきとします。
なので生理後は痩せやすいし肌もピカピカなんですよ。

プロゲステロンは排卵後に分泌される。受精後の母体を守り妊娠を継続させるためのホルモン。

この２つのホルモンの仕組みわかっていただけましたか？
尚、こういうことは是非産婦人科でしっかり医師に聞いてください。
でないとあなたの体のことですよ。意味不明な薬を飲んで怖くないでしょうか？しっかり知識を付けて治療なさっていくださいね。

また何かありましたら回答させてくださいね。