・言うまでもなく正規品であること。
・商品を直接試せるし、わからないことも直接質問できる。
・手持ちの商品との使い方も聞けば教えてくれる。
・自分では普段選ばないものが意外とハマることもある。
・アットコスメを含むオンラインではあまり(デパコスの)サンプルをもらえた試しがわたしはありませんが、店頭購入の時のサンプルは手厚いと思う。
・誕生日などに特典があるブランドも。
・百貨店によってはdポイントやPontaポイントなど使えるお店が多いポイントも貯められる。

ほかにも色々あるとは思いますが…。

店頭にせよオンラインにせよ、どちらも一長一短あると思うので、うまく使い分けたらよいと思います。
(個人的にはポイントだけが全てだとは思っていないというのもあります)