とりあえずAちゃん本人にハブられてると思ってるかどうか聞いて下さい
肝心の、Aちゃんが2人に対しどう感じているか、という点が出てこないのですが、何かAちゃんにそのことについて聞けない理由があるのでしょうか？

この状況では、Aちゃんが仲間はずれにされていると実際に感じているかどうかがキーポイントになります。Aちゃんが2人に対し少しでも不快に感じていることがあるのなら（そこがCちゃんにつけ込まれる隙になります）それを改善した方が良いのでしょうが、Aちゃんが何とも思っていなければ、放っておくしかありません。Aちゃん次第ですが、Aちゃんが「私別にハブられてないけど？」とCちゃんに直接言うことができればさらに効果的ですが。

Aちゃんに対してはありのままを伝えることです。Cちゃんの言葉が気になるけど、私たちは全然そんなつもりはなかった、Aちゃんはどう思ってる？と。2人で会ったことも言ってしまいましょう。これからも今まで通り3人で仲良くしたいんだけど、Cちゃんもああ言ってるし、Aちゃんも他のグループに行くことが多いから気になってたんだ、そのことを話すために2人で会ったんだけど、結局どうしたらいいかわからなくて…、という感じで正直に。

Cちゃんにはあまり関わらない方がいいでしょう。理由はわかりませんが、どうも基本的にあなたのことが好きではないようです。そのような相手と上手くやっていくのは難しいでしょう。こちらも不快な思いをするだけです。何か言われても、例えば睨み返したりするようなことも控え、そっぽ向いて受け流しましょう。話しかけられるようなことがあれば（あまりなさそうですが）笑顔で返事をします。こういう人は、こちらに何も原因がなくてもあることないこと作り出して責めてきますから（こちらの常識が通じると思わないこと）、せめてアラを出さないようにしましょう。

大人の世界ならこのCちゃんのような人は自然と誰からも相手にされなくなりますが（残念ながら大人になってもこういう人はいます）、子どものうちは不思議とそうはいかないんですよね。子ども同士のトラブルでは、正しい正しくないではなく“力の強い者”が勝ってしまうので、冷静に考えれば誰もがおかしいと思うCちゃんの言動も、まかり通ってしまうことがよくあります。だからいじめってなくならないんですよね。

Cちゃんの言葉や態度があまりにエスカレートしていくようなら、信用できる大人＝先生に相談してもいいかもしれません。「運動出来ない人とか邪魔なんだけど」のような発言は、先生が立ち入って注意してもいいレベルだと思います。

楽しい高校生活をお祈りしています。