相談者さんのおっしゃる「色素沈着」って、口紅の色で唇が染まってしまうことを指していますか？
もしそうなら、そもそも口紅によっては下地がなくても起こりません。唇を染めるのは「染料」で、大抵の口紅の色は「顔料」によって出ているからです。「染料」は要するにインクですが、「顔料」は絵の具のような細かい粒なので角質に染み込むことはないです。
染料が使われているのは、クレンジングしても落ちないようなティントです。蛍光ピンクに染まるようなティントに使われているのは油溶性の染料なので、リップベースのようなオイルの使われているものでは防げない（リップベースに染料が溶け込んでしまう）気がします。多少は少なく済むでしょうけど…
水溶性の染料は、オイルを含むリップベースで弾けそうですね。実際どうなるかは、使うティントとリップベースそれぞれの成分によるかと思います。

一般的に、「色素沈着」というのは炎症が起きた後の「シミ」を指しています。染料で染まったものではなく、炎症後の肌に体由来のメラニン色素が溜まった状態なんです。
もし、相談者さんのおっしゃる「色素沈着」がこの意味なのであれば、リップベースを使うことはどんな口紅に対しても効果的です。口紅で唇が荒れてしまう=炎症が起こると、「色素沈着」も起きてしまうからです。