あっ、そう。と思いますけど。
ご質問を読み終わって一言。
「あっ、そう。ふーん」
と思いました。

貴女がガッツリ本音を言いたいということなので、
回答者も本音でお答えしましょうか。

＞中学生のメイクは早い！という意見をよく見ます。
その理由として、肌がキレイなのは今のうちだけだから
もったいない　というのが多数ですよね。

肌がきれいだからもったいない。
まぁ、一般論ですね。
私は『肌の老化を早めるからオススメしません』
とお答えします。
オススメしませんというだけであって、メイクしようがするまいが、本人の勝手だと思っていますよ。
スキンケアもメイクも基本的に自己責任ですし。

それと、お肌に合うものを使っていると豪語されてますけど。
「ニキビ肌にファンデーション」
（BBやコンシーラーもファンデーションの一種ですから、一緒にくくりますね。）
ニキビ肌にファンデーションが悪いのは、中学生に限りません。

大人でもニキビが多い人は、できるだけファンデーションを使わないようにして、治療を優先するよう、アドバイスさせていただいてます。
中学生だからメイクするな…とは論点自体が違いますね。

にきびが増えたことはないかもしれませんが、治ったというわけでもないですよね。

＞そういった意見をもつ大人の方々は
中学生の女子はみんながみんな肌がキレイだと思ってるんですか？
「キレイなのにもったいない」という意見を見るたび
私は傷ついてます。中学生なのに肌が汚い私は異端なのかと。

そんなに頭の悪い大人がいると思っているのでしょうか。
他のサイトならともかく、ここにいる人たちはそんなことないと思いますけどね。
にきびが多い中学生が異端だなんて、思うはずもありません。
ごく普通のことですし。

私は生まれつきのアトピーで、子供のころからカサカサでした。
ニキビもできましたし、肌荒れとは３０年来のお付き合いです。
メイクで隠したい心理もわかりますし、それがどれだけのリスクをはらんでいるかも知っています。

だから、ニキビがあるなら余計に化粧しないほうがいい…と言います。
本気でコンプレックスを解消したいなら、ちゃんと病院にかかるべき、体質改善も考えるべき…と考えますから。

先にも書きましたが、メイクしようがするまいが貴女の勝手です。

一ついえるのは、メイクで隠したところで凹凸は消えません。
ブツブツはメイクをしても隠れないので。
人から見たら
「あ、にきびが出ているんだね」
「めっちゃ肌荒れしてるんじゃないの？」
というのはすぐにわかりますよ。
メイクはむしろ、肌荒れを強調して見せることがあるのです。

ここの回答者のみなさんは、それも知っているから
『皮膚科にいきましょうね』
と言うのですよ。
そんな症状を抱えている人に
『メイクして隠しちゃいましょ』
と言うほうがおかしくないですか？

質問者に対する貴女のレスは、ちょっと問題があるように思いました。

参考にもならないことですが、長文失礼しました。