最後は自分の自由です。悩んだ末の答えなら自信を持っていいと思います。
＞中学生のメイクは早い！という意見をよく見ます。
今の大人と言われる年代の中学生時代に比べれば、一時の感情や決め付けでそう言ってくる人は減ってきているのではないか、と思います。

いることはいますが、年を重ねた女性からの意見として、いろいろな経験をされて、肌が荒れてしまったとか、過去に無茶をしたからこうなってしまったとか、後悔があるからこそ、自分の子供や子供達の世代には、同じ思いをして欲しくない、きちんとした知識を得ないまま、デメリットを知らないまま安易な気持ちで化粧品や美容器具に手を出して欲しくないという思いが込められているのが大半だと思います。
あまり知識もないままあれこれ手を出してしまい、後で後遺症のようなひどい状態になってしまったので、あまりオススメできないと言っている方は多いと思います。

昔に比べティーン服が大人顔負けになり、ティーン用のコスメも充実してきていると感じます。
売れなければ必然と廃れてくるはずですから、今はOKを出している親御さんや大人も増えてきているはず。

＞その理由として、肌がキレイなのは今のうちだけだから
もったいない　というのが多数ですよね。
多数ではないと思います。
その様に言う大人は、色んな意味を一言に凝縮し過ぎですし、自分にも中学生時代があって多かれ少なかれコンプレックスがあったということをすっかり忘れている、相手に気が遣えない方だと思います。
また、若いということ自体に羨ましいという意味を込めていると思います。

異端か異端じゃないかと言われると、中～高校生時の肌荒れを経験する方は確率的に高いと思いますし、元の肌質やアトピー等で大人になっても苦しんでいる方もいるので、異端じゃないと思います。
ただ、傷つく気持ちはわかるんですが、ちょっと考えや結論の出し方がが両極端ではないかな、と思います。

＞なので
それを少しでも気にせずに学校生活を楽しみたいと思い
BBクリーム・コンシーラーなどを使っています。
その様に強く心から自信を持って思うのならば、可能な範囲で貫き通したら良いと思います。（校則や進路等が関係すると思うので、あえて可能な範囲でと書きました）
貫き通せるなら、周りの意見も気にならなくなるはずです。

ただ、揚げ足を取るようでスミマセンが、今回の悩みにアイメイクは必要ですか？
単純にメイクをして可愛くなりたいのであれば、可愛くなりたいとはっきり言って、思い切り楽しんでメイクをしたら良いと思います。

ただし、メイクはメリットだけではありませんから、ご自分が納得いくまでメリット・デメリット・他者の過去の症例を調査してから始めれば、ご自身が将来後悔等をする可能性が減らせますよね。
これができるできないに関しては、本人がしっかりしていれば年齢は関係ないはずだと私は思いますが、中学生にはまだ判断できないと考える大人が多いからかもしれませんね。

私はトピ主さんの様に化粧品を使える環境が一切なかったので羨ましいです。
高2で顔一面にバーっとニキビが出来て、20歳を越えるまで悪戦苦闘しました。
髪をショートにした時に、今まで当たらなかった頬やおでこに毛先が当たるようになったのがきっかけなんですが、原因を取り除いても改善せず仕方なく放置していました。
中高、自分で使わせてもらえるお金が全くなかったとことと、日々の勉強部活でそのようなことまで気がまわらなかったからです。
校則に引っかかり一度目をつけられると面倒くさい、という思いもありました。

親には皮膚科に行けと言われたのですが言いっ放しで、診察代を出してくれるわけでも無いし、おこづかいをもらえるわけでもない、勉強部活でアルバイトも出来ない、どうしろと…？といった感じでした。
でもお金がないなりに、スキンケアで良いものがないか、実際には買えなくても、＠コスメや書籍を参考にして、いつかこれを使おうと考えていました。
コンシーラー等を使うという選択肢すらありませんでしたが、そのおかげがそれ以上悪化することもなく、20歳を越えてからだんだん薄れてきたので、私の場合は手を出せなくて正解だったかな、と思っています。
あくまでも、自分の場合はです。でも本当に当時のお肌は最悪でした。

現実的な答えとしては、親御さんの許可が得られれば、一度皮膚科へ相談してみることをオススメします。
今は老若男女、小さな悩みでも診察をしてくれますし必要であればお薬を出してくれます。
あなたの状態を直接見たわけではないので断言はできませんが、普通であれば、落ち着くまではお化粧はお休みしましょうとなるはずです。
その後お化粧を再開するかどうかは、あなたの自由です。