シャンプーだけノンシリコンが多いです
ノンシリコンについてはアプリコット奈々子さんが書かれている通りだと私も思っています。
シャンプーは髪のスタイリング剤を落とす、頭皮を洗うものなので、シリコン入りだと頭皮に残りやすい、詰まりやすいと思っています。
ノンシリコンシャンプーもよくすすぐ必要があることにかわりありませんが、シャンプーにシリコン入りは必要ない気がしています。


ただシリコンは、髪の表面をコーティングしてくれる、熱ダメージから髪を守ってくれるのでコンディショナー、トリートメント、又はアウトバストリートメントなどのいずれかには必要だと思いますし、ノンシリコンとして出していても実際これらにはシリコン入りの物も多いのではないでしょうか。
コンディショナー、トリートメントは痛んだ毛先を中心に伸ばし、頭皮につけることはしないものですし、髪が痛んでいる場合、シリコンを使うことにより枝毛を補強して手触りをよくしてくれます。
ノンシリコンシャンプー→ノンシリコンコンディショナー→シリコン入りアウトバストリートメント
と使用した場合、ノンシリコンコンディショナーで入れた良い成分をシリコン入りアウトバストリートメントで逃がさない蓋の役割もしてくれると思っています。（あくまで思っているだけですが・・・。）
美容室でしてくれるトリートメントコースの成分をみてみると、実際シリコンたっぷりのものが多いです。


シリコン入り製品を使いすぎると、パーマがかかりにくい、髪を染める際染まりにくい等が言われています。

また、洗い流す際背中について吹き出物の原因になるとも言われています。
肌の強い方は今すぐ出ることはないと思いますが、長年の蓄積により出来たりもするそうです。
アウトバストリートメントのシリコン入り等も手についてよく落ちていないと、化粧水をつける際手に残っていて顔の吹き出物の原因になる等言われています。
ですので、ノンシリコン製品のメリットはそのあたりにあると思います。


個人の髪の状態によるとは思いますが、
私の場合酷く痛んだダメージ髪ですので、シャンプーはノンシリコンを選んでいますが、コンディショナーは成分の中盤くらいにシリコン入り（成分は書かれている順に多く含まれます）のもの、又はコンディショナー、トリートメントもノンシリコンの場合は週に一度のヘアパック製品で補強、又はシリコン入りのアウトバストリートメントを使用しています。

シャンプー以外の物も全てノンシリコンにしてしまうと、割れやすい爪のケアをしないのと一緒で、今度は髪を保護してくれる物が何もなく、夏場は髪が日焼けしやすかったり、ドライヤーやアイロンで痛みやすくなる、手触りがだんだんざらざらしてくるのではないでしょうか。（爪はすぐ切れるので気にならないですが、髪を伸ばす場合は特に。）

ちなみに、逆に、健康な髪にシリコン入り製品を使いすぎる（例えばオブコスメティクスのレスキューオブヘアーを毎日使う）と、髪がぼさぼさになります。（実際なり、その後カラーリングのトーンダウンもあまり入りませんでした。）

ご質問以外のことも色々記載してしまいましたね。
長文、乱文失礼しました。