下地有り無しよりも、落としやすさで傷むか決まります^^；
私はマスカラを塗る際、しっかり下地を塗る派なのですが、睫毛が傷むか傷まないかは、下地有る無しよりも、そのマスカラを化粧を落とす際に簡単に落とすことが出来るか出来ないかによると感じています。

要するに、あまり擦らず、スルンと簡単に落とせたら睫毛を摩擦から極力回避できて、睫毛が抜けるリスクが減りますし傷みにくいわけで、下地を塗っていようが塗ってまいが、そこが重要です^^

下の方が言ってらっしゃるように、私もファシオのマスカラは落としにくくて、睫毛がびっくりするほど傷みました。ウォータープルーフの度合いを強く謳っているものほど、アイメイクリムーバーを使っても中々落としにくいので注意が必要です。

下地を使うと、滲み防止とカールキープ力、睫毛のボリュームアップ効果で睫毛をコーティングする形になるので、確かに下地を使わない時よりも落ちにくさは感じますが、基本さほど変わらないと思います。
優しい使い心地のよく落ちるアイメイクリムーバーでマスカラを浮かせておいて、丁寧にやさしく落とせば大丈夫。

まつげ用美容液を使うと、マスカラを使っていることによる睫毛の痛みが予防、補修されるので、SH∞W-TiMEさんの今のやり方も良いと思います*^^*

私のマスカラメイクは、マジョマジョのマスカラ下地、お湯で落とせるマスカラ２種で、落とす際はクレンジングエクスプレスのアイメイクリムーバーをコットンに沁みこませて睫毛を濡らして浮かせ（摩擦が嫌なのでふき取らず極力濡らすだけの感覚）、あとはお風呂で全体的にメイクを落とす時にアイメイクもスルンと落としています。で、お風呂あがりに睫毛美容液。
これで唯一自慢の長い地睫毛を保っています。笑

些細なことしか書けませんでしたが、少しでも参考になりましたら幸いです♪