大丈夫だと思いますよ(*´ω｀*)
特に失礼ではないと思います。
どんなカウンターかにもよるとは思いますが、個人的にはデパートの高いところだったりすると何度も顔を出すほうがはばかられるというかちょっと苦手です。ドラッグストアの美容カウンターだと結構気軽に聞けます。
「前にサンプル頂いたんですけど・・・」と全て説明して「今使ってる下地がとても気に入ってるので、それと組み合わせたいので、もう一度試してもいいですか？」と正直に聞けば問題ないと思います。私も何度もそういうことしたことありますが、いやな顔する店員さんにはまだ会ったことありません。
一度パフでなくブラシでどう塗れるか見たかったので、ファンデブラシ持参で行ったこともありますｗ　笑顔で「いいアイデアですね」って対応してもらえました。
ちゃんと説明すれば店員さんもそれに応えようと色々対応してくれると思いますよ！特に下地は好みや肌に合う・合わないが結構はっきり分かれるものですし。

ファンデの色は照明によっても色が違って見えるので、蛍光灯・自然光・直射日光（ほかに特殊な光の下でファンデを使う予定があれば、その状況下で）それぞれ見てみないと分からないと思います。
自然光では同じように見えても蛍光灯の下では違って見えるなど、色々光によって変わることもあります。
また顔に塗るだけでなく、首の色と比較してみて、それでもどちらでも大差がなければどちらでもいいと思います。
お店の人に正直に「どっちも変わらないような気がするので迷っている」と伝えてみてもいいと思います。

またどちらも本当にそっくりであれば春・夏に向けて若干暗めのを選ぶのもありだと思います。

私も欲しかった色がサンプルでなくて暗めの色をもらって帰り、「この色でもいける」と思ったものの、（顔に半分ずつ）塗ってもらったら色が明るいほうがしっくりきて、結局明るいほうを買ったことがあります。
どちらの色でもOKな場合、好みで選んでいいと思います！