凄くあるあるです
気泡ではなく、表面に傷があるなら乾いていないんだと思います。
表面的には乾いていても中がしっかり乾いていないと、寝ている間に長時間物と触れた部分には跡が残る事がよくあります。
ポリッシュが完全に乾くまで、24時間かかるという説もある位です。
(ちなみに私はネイルを仕上げた2日後に、布団の跡が付いた事があります)

もしかして、乾きにくいポリッシュをお使いではないでしょうか？
ポリッシュではなく、ベースコートやトップコートが原因の可能性もあります。
お使いの品を@cosmeで検索し、口コミを読んでみると似たような人が居るかも知れません。

少しでも傷を付かないようにするには、ベース・ポリッシュ・トップを塗る時に1回づつしっかり時間の間隔をあけるのがいいと思います。
私は30分は開けるようにしています。トップコートだけは翌日以降にしています。
もしくは、厚みが出て速乾性のあるトップコートで覆ってしまう方法。
セシェのセシェヴィートが有名です。

ちなみに、ネイルガードやマニキュアガードなるアイテムもあります。
爪を物理的に傷の原因から守る、盾のようなものです。
私はうまく使いこなせませんでしたが、使えれば便利そうなアイテムです。