これはパレットシャドウについて回る悩みですね。
私の場合、いくつかのパターンに分かれます。
1，捨てる
もったいないですが、濃い色のみ残っても使わなくなる、もしくは飽きてしまうので。
アイシャドウにも質感や色合いに流行りがあるので他の色を使い切る頃には新しい物に買い換えてます。
2，アイブローとして利用
ラメやパールが強くないならパウダーアイブローとして使う事も可能です。
3，アイライナーのぼかしとして使用
アイブローと違ってこちらはラメやパール入りでも気になりません。
4，元のパレットに近い、または濃い色に合う単色シャドウを買い足して使う
よっぽど気に入ってるなら、の場合ですね。特にここ数年はアディクションやエレガンスクルーズ等に見られるように単色シャドウが豊富にありますので、探しやすいかと思います。私はベースカラーを買い足す事が多いです。ただ実際に目元に塗ってみないと分からない、見た目や手の甲だけだと実際のメイクでは仕上がりイメージが違うことも多々あるので、これはこれで結構探すの苦労するんですよね…。

以上を踏まえて、私は経験上だんだんと濃い色が少ないパレットを選ぶようになりました。
多色パレットの各色の分量が同じ物ではなくて、ベースカラーが一番多くて、締め色が少なくなっているパレットです。
最近はこの手のパレットが増えてきたような気がします。コフレドールの最新のパレットもこのタイプかと思います。
プチプラなら捨てるのも惜しくないと思いますが、高めのデパコスだと捨てるかどうか迷うかと思いますが、高かったからもったいないなのか本当に気に入ってるからなのかで決めてもいいかもしれませんね。
いずれにせよ余り古いものを使うのも品質的にも良くないです。あとメイクに古臭さが出やすくなるのでなるべく早めに使い切るか捨てる方がいいですね。取っておいても結局使わずじまいって事が多いですから。