出産祝いに商品券またはギフトカードを送るのは失礼には当たりませんが、普通は、商品券なら箱に入れて熨斗をかけます。ギフトカードならカードサイズの封筒に入れて熨斗をかけます。
デパートで商品券を購入するとき出産の贈答用と伝えれば箱に入れて熨斗もつけてくれます。
ご祝儀袋に商品券を入れる、というのはあまり聞いたことがありません。ご祝儀袋は現金を入れるためのものなので、現金以外のものが入っていたらちょっとびっくりするかな。

ご祝儀袋に現金、もしくは熨斗付きの箱に商品券、というのが一般的です。

出産祝いの封筒とは中袋のない簡易的なご祝儀袋のことでしょうか？一枚の封筒にお祝いと印刷されているだけの簡易的なものであれば、これも失礼に当たるかも。これはフォーマルなお祝い事にはあまり使いません。

しかしながら、「お金がないのかと思った」とはご友人も随分と失礼ですね。