商品券は使えない店舗も多いので、祝いに包むものとしては、ちょっと。
ただ、ご友人の方の「お金がないと思った」という発言も失礼ではあります。どの程度の距離感の関係なのか分かりませんが。
封筒に入れ替えたのが駄目なのではなく、そもそも「券」を渡して「お祝いだよ」は失礼というよりズレている感じですね。結婚祝いなら現金を包みますよね？出産祝いの目的は「おめでとう。これで必要な物を買ってね」なので、使えない店舗も存在する限定された物を贈るのは失礼というか常識的な問題でしょうか。
このあたりもご友人との距離感によって違いが出るので、一概には言えませんが、どんな種類の商品券でも目上の方には避けた方が無難ですね。
商品券を取り扱っていない店舗ですが、実はけっこうあるんですよ。