私も顔から耳まで真っ赤になりやすいです。
原因としては体温の変化、外気の影響(寒さで赤みが出るなど)、精神的な変化(人前で緊張するなど)から赤みが出やすいのだと思われます。
基礎代謝が上がると基礎体温も上がるのでポカポカと血行も良くなりますが、もしかしたら顔の赤みを解消することにはならないかもしれません。
ただ、筋肉はないよりあった方が良いです。

私は今はメイクが出来るので、ファンデーションを塗ることで、顔の赤みが他の人から見えにくくなりました(耳は髪で見えないので特に何もしていません)。

メイクができない状況であれば、今はすっぴんクリームやすっぴんパウダーといった素肌をキレイに見せてくれる化粧感のない化粧品や、色つきの乳液や日焼け止めがあるので、それらを薄くでもお顔につけられてみてはいかがでしょうか？
赤みが出ることでいちいち他の人から何か言われるのもしんどいと思うので(私も中学時代にアンパンマンみたいとか、「あいつ(男子)を見て赤くなってんのか？」などとからかわれたこともありました)、今は良い物がたくさんあるので、何でも使える物は使った方が良いと思います。
学校へ行きたくても、からかわれるから行けなくなる状況になるよりは良いと思います。