おっしゃるように、化粧崩れしやすいところはファンデ薄い方がいいですね。
毛穴を消そうと塗り重ねるほど、崩れた時に余計毛穴が目立つことになります。

私はリキッド派なので、リキッドのやり方になりますが、
崩れにくい頬から塗り始めて、鼻、Tゾーン、あごなどは、一番最後にスポンジに残ったものを塗る程度にします。
一方向に向かって塗ると毛穴が気になる場合があるので、いろんな方向にくるくると刷り込むように動かすと薄くても毛穴をカバーしやすいです。

最後にティッシュをひらりと乗せてハンドプレス、あるいは何もついてないスポンジで軽く抑えて余計なファンデや油分を取って密着させるのもいいと思います。

ファンデのあとに、どうしても気になるニキビなどはそこだけにコンシーラーを使います。安いものだと、キャンメイクのクリームのコンシーラー（グロスみたいな容器のやつ）が使いやすく優秀です。ファンデで全部隠そうとするとおっしゃるように厚塗りになってあまりいい結果にならないです。

あと、基本なのでご存知かもしれませんが鏡に近づき過ぎないように。
近すぎると無駄にいろいろ目に付いて、隠すほどのことじゃなくても隠そうとして厚塗りになります。基本的に鏡は自分の腕を伸ばした位の距離に置いてくださいね。そうすると、鏡の中の自分が、人とおしゃべりする時くらいの距離になり、他人からの見え方を正しく認識できます。