私は・・・
アトピーではないのですが、顔に吹き出物ができやすいので、気になってレスしました。

確かにファンデーションは肌への負担が避けられないので、毎日使うのは避けたほうがいいかと思います。

確かに、ワセリンをぬった後、化粧下地はつけなくてもいい、と私も聞いたことがあります。
ただ、ワセリンって日焼けしやすいとも聞くので、ワセリンをつける時は夜にきちんとつけるようにしたりしてみてはどうでしょう？
下地なしでファンデーションをすると肌が荒れやすくなったり、色素沈着の心配もあるので・・・。

調子がいい時はイプサを使っていらっしゃるとのことでしたので、ベースメイクもイプサを使ってみては？
色つきの化粧下地もありますし。
その後、ファンデーションをつけるか、プレストパウダーをつけるかですが、負担を気になさるのであれば下地→プレストパウダーの方がいいかもしれません。
プレストパウダーだったら、私はイプサかクリニークがオススメです。
クリニークは肌の弱い人も結構使っているし、私はファンデーションとパウダーはクリニークを使っています。カウンターで試してみてはどうでしょう？

クレンジングはオイルではなくミルクやクリームのクレンジングを使ってみたらいいと思います。
こちらの方が肌への負担も少ないと思うので。
コスメデコルテのクリームクレンジングがオススメです。落とすのに少し時間がかかるけれど、肌への負担が少なく落とせたので。

参考になれば嬉しいです。
肌にあったやり方が見つかるといいですね