長く接客をやっていましたが、
そのくらいで弁償代を払うなんて聞いたことも起きたこともありません。
どのような飲食店か分かりませんが、
そもそも、飲食店の備品は店舗で決まった方法で発注するものが多く、
一括で他のものとまとめて店舗の発注代として支払いをしますし、
直接弁償代をもらっても、差額が出てしまうのでそのお金をレジにプラスして入れることもできないので、その場でお金をもらうなんてことはしないです。
もし本当に弁償代が必要だとしても、連絡先を聞いておいて、後日領収書や見積書などと一緒に請求することが一般的なのではないでしょうか。

その店員さんが店長や責任者だったのかも気になります。
（個人的に懐に入れた可能性もあります。）
もし、チェーン店であれば店舗ではなく、会社自体に問い合わせてみてください。