約２年使用しています。
私もディフェリン、使用しています。
私が処方された時は１日１回夜寝る前にできたばかりのニキビ（コメド）と、その周辺に塗るよう言われました。

ディフェリンは皮脂が詰まってコメドになった毛穴を広げて（？）皮脂詰まりを解消することにより出来たてのニキビが悪化し炎症ニキビになるのを防ぐもののようなので、赤く炎症してしまっているニキビには抗生物質とかの方が効果があるかもしれません。

ちなみに私の時はディフェリンを始めたばかりの時は顔全体にコメドがびっしりありニキビの部分のみなどと言ってられないような状況だったので全体に塗ってましたがピーリング作用の強いお薬なので皮膚がディフェリンに慣れるまで顔全体が赤くなり、化粧水もヒリヒリする状態でした。
また乾燥も引き起こすので毎日化粧水パックで赤みの沈静+保湿も欠かさず行いました。
赤みやヒリヒリが無くなってくるまでには大体２週間ほどかかりました。
なので全体に薄く…はあまりオススメできません。

今は完全に無くなったわけではありませんがニキビは当時に比べれば激減したのでニキビ（コメド）ができた部分のみにチョンチョン、と乗せるのみです。

・基本的にピーリング作用が強いお薬なので健康な肌の部分には塗布せず、コメドとコメドが出来そうな感じの部分にピンポイント塗りすることをオススメします。
・人によっては合わない方も居るので、おでこやあごなど、目立たない所でしばらく塗り続けて１～２週間は赤みやヒリヒリ感があってもそのうち無くなる、というのを確認して自分の肌に合っているか実験（？）してみてからご使用されてみてはいかがでしょうか？
・あとは乾燥を引き起こすので保湿は必須です。クリームなどで油分を補うのではなく、化粧水パックなどでで補水を心がけるようにして下さい。

処方された時に使用方法やどういったニキビに効果がある薬か、という説明書きされたパンフレットなどを一緒にもらっていると思いますのでよく読み、医師の指示に従った使用法をするのが一番かと思います。
ディフェリンは合う合わないが分かれやすい薬のようなので上手な使い方をして上手く使い分けて、合わない！と思ったら思い切って使用はやめるようにするのがニキビ悪化を防ぐ近道だと思います。

朝洗顔に関しては質問者様の肌質、ニキビの種類が定かでないので控えておきます。

長くなりましたが、ニキビは気分を落ち込ませますが、ニキビは治る！と信じてお互い頑張りましょうね。