最初に薄い色でまぶたのくすみを払い後から乗せる中間色の発色を助ける事で色のバランスを取りやすくしていると聞いた事があります。
特に日本のアイシャドウは優しい発色のものが多いので淡色から重ねて色の強さを調節する方が理に適っているように感じます。
この方法だと中間色が綺麗に出やすいですし、優しい発色の商品でもメイク感を出しやすいです。
あとアイシャドウベースを使わない人も結構多いのでアイシャドウによるまぶたへの色素沈着を軽減する効果もあるかもしれません。

私はナチュラルにするときは濃色から乗せていき、最後に薄い色を乗せる事が多いですが、しっかりメイクしたいときは淡色から重ねていきます。
濃色から乗せる時は引き算、淡色から乗せる時は足し算のメイクになるように感じます。

同じパレットでも重ねる順番次第で結構印象が変わるのでアイシャドウは面白いなと思います。