コンディショナーは地肌につかないように使います。
コンディショナーの使い方、また乾かし方を見直してみるのがおすすめです。
コンディショナーは根元を除いて全体に馴染ませたあとにトリートメント用の粗目のコームを使ってさらに万遍なく馴染ませ、ほうれん草の水気を切るときみたいに毛束をギュッギュッと握ります（スキンケアのハンドプレスと同じ感覚）。
根元からしっかり流して、ドライヤーは熱風を当てすぎないように、冷風と交互にして髪そのものよりも地肌から乾かす感覚で使うのがおすすめです。
あとはシャンプーやコンディショナーの成分の見直しもしてみては。コンディショナーのどんな成分が合わないのか分からないので何とも言えませんが、シリコンは髪をしっとりコーティングしてくれる一方で残留しやすく、それが頭皮トラブルに繋がることもあります。ノンシリコンのコンディショナーやトリートメントは少ないのですがドラッグストアなど市販で購入できるものもあります。
また、お使いのシャンプーにもよりますが、洗浄成分が強く刺激になっている場合もあります。アミノ酸系洗浄料が使われているものがおすすめです。