同じく高校生です
こんにちは。わたしも最近ナチュラルメイクというか、顔が優しく見えるようなメイクに目覚め、いろいろと模索しています。

アイシャドウパレットの色味を全て使う必要は全くないですよ。自分が不器用だからかもしれませんが、わたしは四色も五色も入っているパレットは使いこなせないので、合わせやすい色だけを使うか、そもそも二色or三色のパレットしか買わないです。
色を重ねていくと濃くなってしまうのは当然のことなので、無理にグラデーションをしたりするよりもツヤ感のある色味（ベージュピンクなど上品でいいと思います）を一色だけまぶたに広げるだけでも、とてもナチュラルですしメイクしていないときとは全然違うのでおすすめです。
またアイシャドウの多色使いでは、締め色を先に目のキワに塗ってから薄い色をアイホールに重ねると濃くなりにくいと思います。

アイメイクをブラウン系で同一するとかなり優しい雰囲気になると思います。マスカラなど重ね塗りしてもケバくならないので、ナチュラルに見えますよ。
私観ばかりですが、よろしければ参考になさってください。