洗顔方法を変えてみたら？
ニキビとニキビ跡に関してはちょっと解りませんが、毛穴の黒ずみは、皮脂の汚れやメラニン色素が毛穴から排出されたものだと聞いています。

ですので、まずはコレを物理的に除去してしまうしか方法が無いのでは無いでしょうか？化粧品売り場に行けば、様々な毛穴対策の商品がありますから、そちらを試してみるのも良いですが、残念ながら、それほど効果が無いものが多いです。

色々試した中、お勧めできるのは、
マジックソープ
メイクも落とせるという石鹸もしくは液体石鹸で、液体の方をよく使っています。
ティーツリーは殺菌効果も高く、ニキビにも有効だと思います。
黒ずみだけだったらグリーンティーなども良いと思います。
ちょっと刺激があるかもしれませんので、良く泡立てて使うと良いと思います。

ガスールのクレイ
色々な製品がありますが、3つほどお勧めしてみます。

TSURURI 角栓かき出し ガスールペースト
スクラブっぽいのですが、ガスールのクレイが入った洗顔フォームです。洗い上がりがさっぱりして、毛穴の汚れもかなり良く取れます。

ナイアード ガスール粉末
粉を水に混ぜて、パックを作ります。
このパックはかなり強力ですが、少々粒子が粗いと感じる場合がありますので、その場合は下の商品。

D-EXTRA(ディーエクストラ) パウダー
より細かなパウダーで、水と混ぜるとクリーム状になり使いやすいです。

そのほか、酵素洗顔、オイルクレンジング、スクラブ洗顔などもお勧めです。
酵素洗顔は、皮脂の汚れの内、脂の方は、石鹸成分で汚れが落ちるのですが、皮の部分はタンパク質で、石鹸だけでは、落とすが難しいと言われています。そこで、タンパク質を溶かす酵素の入った洗顔料が必要だというのです。毛穴の汚れはタンパク質の汚れも多いので、良い結果が出ると思います。

洗顔はとても重要ですが、洗いすぎには要注意です。
洗いすぎてしまうと肌のバリアー機能を破壊してしまい、さらにお肌に負担をかけてしまいます。また、肌には有用な微生物がいて、洗いすぎてしまうと、有益な微生物なども死んでしまうと言うのです。

洗顔料によって落としやすい汚れが違うので、朝は酵素洗顔、夜はマジックソープなどとか石鹸系の洗顔料、日によって洗顔フォームを使うなど、使う洗顔料を変えています。

あと、ビタミンＣを取ったらいかがでしょうか？ビタミンCはコラーゲン生成に重要な要素です。ビタミンCを含んだ化粧水や美容液も良いかと思います。
緑茶もビタミンCを含みますし、肌のデトックス効果に有益だと聞いています。