毛穴の事は分かりませんが‥
高校1年生の夏頃からニキビができ始め、すっごく悩んでました。私の場合大きいニキビではなく細かく赤みのあるニキビが大量に顔全体にでき、顔のどこを触ってもニキビ、というくらいひどい状態でした。
ドラッグストアに売っているニキビ用の洗顔や化粧水、色々試したけど効果は出なかったです。
ちょうどその頃からバイトを始めたので、雑誌に載っていたニキビに効く！という洗顔、化粧水をラインで揃えてみました。高校生だったあの時の私には本当に痛い出費でしたね（笑）
そのブランド？メーカー？がエテュセでした。きちんと洗顔をし化粧水をつけてその後ピンポイントにニキビに塗るジェル？の様なものもきちんと塗って。本当に真面目にスキンケアした結果、約一ヶ月で顔全体にあったニキビが数えれる程度に激減しました。もう十年も前の事ですが、本当に感動したのを今でも覚えています。きちんとしたケアをしてニキビが治ったからか、ニキビ跡もできなかったです。エテュセを使うまでは治ってもニキビ跡が残ってしまう時がありましたが‥
ただ、ニキビ用のスキンケアはお肌に合う、合わないがハッキリする様で、私と同じ様にニキビに悩んでいたイトコにエテュセを勧め、使ってみた様ですが逆にお肌が荒れてしまったと言ってました。また、そのイトコにオルビスのニキビ用のスキンケアがよく効いたと勧められたので、ライン使用しましたが私には全く効果がなかったです。

ファンデーションですが、ファンデーションを塗ってしばらくするとニキビの部分は乾燥してきますか？
わたしは乾燥してくるタイプでしたので、コンシーラーなどは塗らず、しっかり保湿をしてニキビ部分には360度方向からトントンと優しく軽くつけてました。今の時代でしたらBBクリームなどカバー力の高い下地クリームなど試されてみては？あまり塗りすぎるとニキビやニキビ跡の凸凹からお化粧崩れしてしまうので難しい所ですが‥

長くなってしまいましたが、他の方も書かれている様に現状お肌が改善されていないなら、現在使用されている洗顔や化粧水を変えてみられては？と思います。きちんと自分に合ったスキンケアをすれば治ります。私のあのニキビが治ったんですから。一日でも早く合ったスキンケアが見つかるといいですね。