こんばんは。私も似たようなところがありますのでお辛いお気持ちお察しいたします。

結論から申しますと、私は精密検査などは受けていないのですが、今のところこれといった原因は不明のままで神経内科に通っています。緊張が抜けず凝りが酷いので鍼をしたり、温浴治療をしたり、カウンセリングセンターで心理士の先生とお話をしたりしています。
正確には原因不明というより、これといった感じでない細かな因子が心理的にも身体的にもたくさんある状況です。貧血、冷え性、睡眠不足や不規則な生活、PMS、ストレス、季節の変わり目、年齢からくる変化などなど複合…。
他の方からしてみればそんなこと？という程度のことがえらく響く体質というのがどうもあるようでして。

私は半年ほど前にガクンと目に見えて主様と似たような体調悪化が始まり、そのまま鬱期間があり(もともと鬱経験者で、家庭環境にもストレスがあります)、鬱症状はある程度落ち着いて現在に至っていますが、とにかくめまいと疲労感が抜けず、仕事にも行けたり行けなかったりが続いています。
不正出血とのことでしたが、私の場合はPMSが一気に悪化し、仕事に支障を来たすようになったことから婦人科に二箇所ほどかかりましたが、どちらでも特に異常はなく原因不明でした。
で、かかった神経内科で過去の経験から抗鬱薬が効果ありませんという話をお医者様にしまして、血液検査で「フェリチン」という鉄分が不足していることを確認し、貧血治療から入りました。
血液検査されたとのことなので確認済みでしたら恐縮ですが、通常の鉄分ではなく貯蔵鉄までが激減している状態ですと、身体が動かないほどの不調が出ることがあるとのことで、内科や婦人科では通常見落とされるとのことでした。もし未検査でしたらフェリチンをと伝えれば診ていただけると思います。
なので一応鉄剤と、頭がボーッとする感じが出るため水分量調整の漢方、自律神経系のお薬で対処していますが、それ以上に季節の変わり目に振り回されたり、ちょっと仕事に行くだけでガックリと疲れたりと、まだ根本解決には至っていません。

上記の通り体質的に変化に弱いとか、神経系がやられやすいというのはあるようで、こんなことで…と思うようなことが原因で体調をガタガタに崩すタイプの人はいます。(これといった病気ではないのに生まれつきお腹が極度に弱いとかあんな感じかも…)
睡眠や食事の不規則、栄養不足、慢性的なストレスなどなど、自分がストレスと思っていなかったことが実際にはストレスで、相当きちんとした生活をしないとバランスが保てなくなるという、ちょっと厄介な体質みたいです。年齢的にも変化がある時期ではあるので、今まで兆候がなくとも急に…というのはあり得ると思います。
そういったストレス原因を探る意味でカウンセリングは有効だったので、心理的なものにもお心当たりがあれば一助になるかもしれません。

又私は貧血改善に伴って冷え性がある程度回復したのですが、寒さで体調悪化するとかないでしょうか。
冬季鬱とか、今の時期であれば季節の変わり目で春も不調が出やすい方がいらっしゃるので、季節性のものでホルモンバランスや神経に負担が掛かってる可能性も考えられるかと思います。
あとアレルギーが出るということですと、伴って免疫系が弱っているということも考えられるかと思うので、そのあたりもお調べになられると良いかもしれません。慢性疲労症候群というのも見てみられると良いかもです(除外診断なのでこれもどうかといった感じですが…)

つまりはよくは分からないけど色んなことが絡んでいる、というのが結論なんですが…すみません。
お勧めしたいのは、大きめの手帳を買って来て、気がついたことを片っ端から書き込んで行くことでしょうか。食べたものや睡眠時間、体調や気持ちが落ちた時の感じと原因などとにかく書いて、何が自分にとって鬼門になり得るのかを把握しておくのが役立つかと。甘いもの食べた後に体調崩すなーとか案外あったりするので…。
それと面倒なんですが、自分である程度神経系や免疫系の病気の本を読んだりも大事だと思います。とは言っても自己診断は危険なので、気になる点を色々整理して、お医者様にきちんとその話を聞いて相談に乗っていただくというのが理想かなと。これはあくまで私見ですが、身体全体のバランスを視野に入れてくださるお医者様の方が良いかと思うので、漢方とか東洋医学にも見識のある方がベターかなと思います。

この手の原因不明系の体調不良は難しいので、色々書きましたがあくまで参考程度にして頂けると幸いです。
お一人で悩まれず、まずはリズムの把握と、相談に乗ってくださるお医者様とのご縁が一番かと思います。他の方の挙げられている総合診療科は私も気になります。
お互い大事に致しましょう…！