ストレッチとは少し違う答えになってしまいますが・・。
痛みは、事故など何か大きなキッカケや骨関係に問題がないのなら、肩凝りは血行不良の可能性が高いと思うので、肩甲骨を意識しながら沢山腕をまわしてみてください。
普段動かしてないなら疲れると思いますが、少し肩をまわす程度では効果はありません。
腰はどの辺りが痛むのかわかりませんが、腰痛は筋肉がなくなると悪化しやすいので、筋トレをした方がいいと思います！腹筋：背筋が6:4か7:3くらいがバランスがいいです。
筋トレをはじめるなら先ずは腹筋から。筋肉がついてきたら背筋。
筋トレのあとはストレッチ・・
ストレッチは文字で上手く伝えられないのですが、筋トレ後だと使った筋肉がわかりやすいと思うので、その筋肉が伸びるストレッチをやるといいと思います！