こんばんは。
まず、"ナノテクノロジー"がどういった形で化粧品に応用されているか正しく理解しておく事が重要と思います。

『ナノ』とはnm(ナノメートル)という大きさ(長さ)を表わす単位の事で、μm(ミクロン)の1/1,000に該当します。
ナノテクノロジーとは、様々な素材をナノサイズの大きさにまで小さくする事で色んな分野の技術に応用されている科学技術の事を指しています。
金属・染料・医薬品・バイオケミカルなどです。
で、現状化粧品に応用されているケースとしては、おおまかに二つがあります

１．紫外線散乱剤としてサンスクリーン剤に使われている粉状の素材「酸化チタン」「酸化亜鉛」を、数十ナノサイズにまで超微粒子化した応用技術。

２．クリームや乳液に使われる乳化技術をさらに発展させ、油の粒子を超微細にまで分散させる事によって皮膚内部にまで浸透させる技術。
医薬品のドラッグデリバリーシステム(リポソーム)とリンクしている場合も多い。

１．は、おそらく皆さんがお使いの「塗っても白くなりにくいサンスクリーン」と謳われているほとんどのアイテムに使われている素材です。
粒子が小さいために、白く見えないという訳です。
２．は、「有効成分を皮膚の深部に届けるナノ技術・カプセル化技術」と謳われているスキンケア商品に活用されています。

ですので、この二つは同じナノ技術と言っても全く無関係の素材技術の応用と考える必要があります。

先頃新聞で安全性を取り沙汰され問題となったのは、１．の粉体処理技術の方の事です。
その後化粧品工業会より、アメリカでこの素材に対して行われた細胞膜への浸透性試験によって浸透しない事が確認されたデータを公表し、問題が沈静化したというのが真実です。

ところがユーザーの間ではこの二つの技術が混同して理解されてしまっているので、混乱を招いている訳です。
ですので、２．の方の商品で謳われているナノ化粧品とこの問題とは全く無関係と理解して下さい。
ただ下記でセレビィさんが書いて下さっているように、２．の技術についても皮膚内部のどこまで浸透がコントロールされていて安全性が保証されているのか、疑問に残るところではあります。
まぁ、医薬品とは違って化粧品レベルでやれる範囲の事ですから、ほとんどのコスメはおおげさに謳われていると思って間違いないようですが(苦笑)
何かの参考になれば幸いです。