はじめまして。ベピオゲルを長年(一年以上)使っております。
過去の質問ですので、同じように不安な方にも届けばと思い、
また、こうしろああしろ等ではなく、とにかく多数のケースがあったほうが良いかなあと回答させて頂きました。
ベピオ成功例です長いですすみません。

なによりまずご不安かと思いますので使用感等から。
私は使用開始の副作用がかなり軽い方でした。(肌は薄く、弱いです)
ただ、生理の前後、強い肌ケアの後、新品のベピオゲルを使う時などに、灼熱感、かゆみ、赤み等が出たりします。ひどすぎると痛みが出たりもします。
基本的にベピオゲルは全顔(体にも)に使える薬です。なのでベピオゲルを塗り、その後スキンケアをすることで満遍なく薬を塗り広げられるので推奨されていますが…
私にはあわず、ある程度スキンケアを終えた後、乳液の後くらいに全顔に塗り、最後にワセリンで蓋をします。
スキンケアで広げる事で痛くない人が多いと薬剤師さんからは言われましたが、私の場合はスキンケアの後のが痛くありませんでした。
なのでもし塗る際は、スキンケア前、後と試されると良いかもしれません。

ベピオゲルはとても簡単に言うと「菌を絞め殺す」薬です。ダラシン等の抗生物質は例えるなら「菌に毒を与える」のですが、毒故に耐性が出来ます(我々もウイルスに耐性ができるように)。でも人間も、絞め殺す縄への耐性は出来ませんよね。
主成分である過酸化ベンゾイルは、アクネ菌を酸化させ生存出来なくさせることで「殺菌」します。毒(抗生物質)ではないので耐性菌が出来づらく長期でアクネ菌に対する対策を取れます。
また、表面の角質の結合を弱めることで「ピーリング効果」をもたらします。これは角質が毛穴の詰まりを引き起こし白ニキビが出来るのを予防するための効果です。この結合を弱めてしまうことで肌が薄くなり…痛みや痒みが出るのですね。
なのでニキビがなくても塗った箇所にはそのような作用があるのだと思って下さい。
痛みが酷い時は殺菌力を蔑ろに(我慢)して、お薬を止めるのも大丈夫です。
勿論ニキビは治りづらくなるのですが「期間通り抗生物質を塗らなかったから耐性菌が！」とかないので、痛すぎるならニキビの進行と相談して一日あけたりするのでも良いかと。
私もあまりに痛いときは塗るのをやめますし、ニキビを直したい、跡にしたくないと思えば多少ピリピリしても塗ってます。
(あ、でもお医者様判断でとは思います。たんに私の経験談です)

私の場合はアクネ菌のせいだったのか、ピーリング効果のおかげなのか、今までのどんな薬より良く効いています。
即ニキビが乾燥してきて枯れるんですね。ニキビが小さいうちから、1日でも早く塗ることで丘のようなニキビになるのを防ぎ、早く治るようになります。大きくなる前に直せば凹みを防ぎますし、赤みなども早めに減退させる事ができています。(塗るのが遅れると…お察し)
ニキビが出来てる時期や、ニキビに気をつけたい時期は毎日でも塗っていますが、私はあまりピーリング作用のような効果は感じてません。ピリピリした所を引っかいたりとかするとさすがに致命的に痛くなるので、物理的なダメージはお気をつけ下さい…。
他の薬のディフェリンのがピーリング作用はものっっすごく強く私の皮膚は居なくなってあらゆるものに染みてますので、『肌が強い』訳でも『薬が効きづらい』訳でもなさそうです。
ベピオは長く使うほど、もしくは慣れればピーリング作用も落ち着くのかな…。私はですが。。

そして守って頂きたい禁忌もあります。
○日光に当たらない事(夜だけ使って下さい)
○冷蔵保存すること
です。実は過酸化ベンゾイルというのは「爆発物」なんですねー。薬剤師さん等は怖がらせないために説明をなさらないようなのですが。
過酸化ベンゾイルの工場で爆発事故があったりしたことがあるくらいなのです。
なので温度管理や、日差しのような強いエネルギーに対して気をつけましょう、ということなんです。日が暮れたら使って大丈夫。
角質が薄くなっているのも日焼け等の影響も受けやすくなりますので気を付けてくださいね。

長くなりましたが、私は今までのどんなものよりニキビが治って生活が楽になりました。
きっとお医者様に御相談なさることでしょうし、また、ディフェリンのように「休めば効果が遅くなり、ガチで使い続けないと効果出てこない」系の薬ではなく(ディフェリンは細胞を『変異』させるため塗り続けないと効果が遅れる)、単純に耐性菌を作りづらいアクネ菌絶ｯ殺！という薬で、塗らない間のニキビが治りづらくなるだけですので、ご不安でしたらお医者様に確認するまで使わなくてもOKかと思います。
一応効果あったし安全に使ってるよ、という者からの回答でした。
長々と失礼いたしましたm(__)m