病院薬剤師をしています。
私も大学生の時、アトピーやニキビができやすいことで悩んでいて、漢方薬局で自分に合った漢方を調合してもらっていた時期があります。
もし体の中から体質を改善するのであれば、専門の漢方薬局に相談に行かれると良いですよ♪人ぞれぞれにあった量で生薬を混ぜてオリジナルで作ってもらえます。

そこまでは・・・という事であれば、市販されているツムラなどの漢方もあります。
でもこれにも証（汗をかきやすいか、手足は冷たい方か、体型はやせ型か等々）ごとに向いている漢方が違くて、薬剤師のいるドラッグストアや調剤薬局で選んでもらうことをオススメします。

例えば比較的体力がある方で、赤みのあるお顔がある人の炎症を伴った赤ニキビには黄連解毒湯。
上記に似ている体質だけどオイリーな肌質の方には清上防風湯。
などなど、漢方といってもその方の体質によって、ニキビに使われる漢方も結構な種類があるんです。
漢方も合わないと逆に悪化するので、一度お近くの薬剤師に細かく相談してみてはいかがでしょう？