染毛理論から
こんにちは。

染め方によって髪の上の方と下の方でムラができてしまった、との事ですね。
私も彼女の髪を染める専属美容師化(笑)していますので、髪の損傷具合などもみながら、染め方にはかなり気を使います。
で、今回のトラブルに対して染毛の化学反応理論から考えてみます。

上にも書いたように、ヘアダイというのは２種の薬剤を混合する事で起きる化学反応を利用した染色ですので、この理論をある程度理解しておかないとひどい目に合います。

で、一般的なヘアダイ（ヘアマニキュアではなく）は「酸化染料」が使われており、ふたつを混ぜる事で起きる酸化反応を利用して色を発色させる技術です。
つまり、混ぜなければ色は発色しませんし、一度混ぜると発色反応が始まってしまいます。
まずこれが重要な１点目。

２点目は髪に対する着色の反応で、これは白髪染めとオシャレ染めとで異なります。
まず白髪染めは元の髪の色（メラニン）を抜かず、酸化染料を髪に反応させて色を付けます。
ですので、明るい色にはできません。

対してオシャレ染めは、過酸化水素で一旦髪のメラニン色素を脱色（いわゆるブリーチ）しておき、その上から染料の反応させて色を付けます。
つまり一旦髪の色を白くしておき、染料で好みの色を付けるという事ですね。

実はこれって以外と知られていなくて、茶色のヘアダイであっても、一度髪は明るい色に脱色（ブリーチング）してから色を付けている過程を経ている事を知っておいて下さい。

で、これらを考慮に入れて考えると、今回のトラブルの答えも見えてきます。

質問の内容は、「上の方の明るさは，日がたてば落ち着きますか？」です。
この「上の方の明るさ」は、つまり髪のメラニンが抜けた脱色が強い状態ですので、日がたってさらに色が薄く（黄色く・明るく）なる事はあっても、濃く（赤く・茶色く・黒く）なる事は絶対にありません。

という事で、ご質問にある時間がたつ事で解決になる事はなさそうで、気になるようでしたら再度染め直すのが良いかもしれません。

あまり喜ばしい回答でなくまことに申し訳ありませんが、参考にされて修正されるのが良いように感じます。