多分ですが。
カラーリングしてると、どうしても新しく伸びてきた毛とカラーリングしたそれまでの毛の部分とで差がでます（俗にいうプリン）。
なので、サロンに行ってカラーリングするか、自分でカラーリングするかになります。
自分でカラーリングするとなると、結構難しいし、市販の製品だとやっぱり選択肢が限られるので、よっぽど上手じゃないと、若干のムラや境目が出来ちゃいます。
しかもカラーリングした髪は退色します。退色した時の色って独特ですし、色の抜け方も部位によって違うんですよね。

サロンの人は、サロンでカラーリングしてないのに、プリンでもなければ、境目やムラがない。退色もない→この人のは地毛なんだろう、と判断したんじゃないのかなあと思います。
特に、かなり明るい色の場合は、脱色もするので、繰り返しやってると、手触りも違ってきちゃう（お人形とかの毛みたいに人工的な感じになっちゃう）のですが、そういう手触りも問題なかったんだと思いますよ～。

学生時代の注意は、単純に黒くない＝染めてるっていう思い込みが先生側にあったんじゃないですか？
明らかに純日本人じゃない肌色や顔の作り、瞳の色ならともかく、
そうじゃなければ、サロンと違って触って確かめたりもしないし、
プロでもないから上手に染めた髪と区別がつかなかったんだろうと思います。
自分が沢山カラーリングしてたりすると、人の髪をみても、染めてるか地毛かってなんとなく分かってくるけれど、生徒指導系の先生って、そういうおしゃれをしてこなかった人が多いから、なおさらわからないんだと思いますよ～。