たぶん大丈夫
私は、化粧品会社で化粧品を開発していた経験があります。
私が解る範囲でお答えしたいと思います。


色を付ける原料には２種類あります。
1つは『顔料』といわれるもので、これは水や油には溶けません。
もう1つは『染料』で、こちらは水や油に溶けるものです。

顔料は、化粧品に広く使用されており、もちろん化粧下地にも使われています。（因に、色がついていないようにみえる化粧下地でも入っているものもあります。）
このとき、化粧下地に色がついているように見えますが、
それは色の成分が溶けているのではなく、その色の粉末が分散している（液体やクリームの中に散らばっている）だけなんですね。
ですから、これを肌に塗ったとしても、色の粉末が皮膚の上に『のっている』だけです。

従って、クレンジングすれば全て落ちますで、色素沈着などは起こらないと考えられます。


一方染料は、名前の通り、物を染めるために使われるものです。
染料は、水や油に溶け、それがしみ込むことで染色されます。
もしも、染料が化粧下地に入っていたとしたら、
化粧下地の油や水に溶け込み、それによって肌表面の角片が染まり、結果として肌にうっすら色味が残ることもあると考えられます。

私の知る限り、少なくとも現在の日本では、染料を化粧品に積極的に使用することはないでしょう。
海外メーカーの事情はよく知らないので、ちょっとわかりません。
ですから、心配であれば、日本の有名なメーカーの製品を使用することをおすすめしますが、おそらく大体の製品で大丈夫だと思います。

万が一ですが、化粧品に染料が含まれていた場合であっても、染まるのは角質層（肌表面の0.02mm）だけだと思われます。なぜなら、角質層より深部には水や油は浸透しないからです。
染まってしまった角片は、肌のターンオーバーで剥がれ落ちていくと考えらるので、そう簡単に色素は沈着しないでしょう。
しかし、こういったことは肌へのダメージに繋がるかもしれません。


私が解るのはこれくらいですが、
色付きの化粧下地の使用が色素沈着の原因になることは、まずないと思います。また、化粧下地以外のメイク製品も同様です。