目的によると思いますが…。
ダイエット目的なら、ストレッチは朝が一番。
朝にストレッチ＆簡単な筋トレをすることで、その後一日の代謝があがるそうです。なるべく大きい筋肉を動かすことが代謝アップのコツだそう。
私は、目が覚めたら、ねっころがったまま、思いっきり伸びをし、足をぱたぱたさせ、骨盤周りを軽くほぐします。
寝起きの体のこわばりがとれ、目も覚め、体も暖まり、気持ちよく布団から起き上がれます。
起き上がったら、ラジオ体操も良いけれど、首や肩をまわしたり、肩甲骨を開いたり、体側を伸ばしたり、足の付け根をぐるぐるっとまわしたり、ランジをしたり、といった些細なことだけでも、結構効きます。

逆に疲労解消、柔軟性向上、ゆがみとりなら、入浴後、体が柔らかくなっているうちが効果的。寝る前に軽くすると寝付きも良くなります。
あまり激しく動くと、寝付きが悪くなるので、程々に。

ただ、柔軟性向上、ゆがみとり、肩こり、腰痛解消目的なら、頻度の方がもっと重要みたい。
ひどくなってから沢山やるより、ひどくならないうちにちょこちょこやる方がずっと効きます。
毎日テレビやネットを見ながら開脚、肩まわしとか、歯を磨きながらプリエやアラベスクとかの「ながら」ストレッチ（＆筋トレ）や、肩こり、腰痛になりかけたら、すかさず骨盤回し肩まわし、首まわしで早めにリセットとか。
ホットヨガも１週間に１度、９０分レッスンに２つ出るより、週に２、３回６０分のレッスンに出る方が、私の場合は体の変化が分かりやすかったです。

マッサージは体のむくみとり、疲労回復目的なら、入浴後就寝前に。
効果がわかりやすいし、寝付きもよくなります。
アロマオイルなどは、使ってすぐに日光に当たってはいけないものもあるから、夜の方が無難ですし。

凝り解消なら、ストレッチと同様、とにかくマメにやるのが一番効果的だと思います。

ただ、寝起きの顔のくすみとりとか、二日酔明けのむくみ解消目的の場合は、朝やる必要がありますし、やればそれなりの効果があります。